Minh Nguyên Đế đối lập với phong cách cai trị độc đoán của cha, ông đã lập ra một hội đồng gồm tám triều thần để cố vấn cho mình trong tất cả các vấn đề quan trọng. Hội đồng chủ yếu là những người Tiên Ti đến từ bộ lạc Thác Bạt, song cũng có người Hán và các sắc tộc khác. Điều này đã trở thành một truyền thống của những người kế vị ngai vàng Bắc Ngụy sau này. Tuy nhiên, trong khi khoan dung hơn cha của mình, ông cũng không tha thứ cho các hành vi sai trái của một số quân sư. Ví dụ, vào năm 413, một trong số các quân sư chủ chốt là Thác Bạt Khuất (拓拔屈), đã đại bại dưới tay quân Hạ trong một trận chiến, và sau đó, khi bại giáng làm thứ sử Tĩnh Châu (并州, nay là trung bộ và nam bộ Sơn Tây) thì lại lơ là nhiệm vụ, và Minh Nguyên Đế đã cho xử tử Khuất.

Năm 410, Minh Nguyên Đế cử một trong số các quân sư của mình là Nam Bình công Bạt Bạt Tung (拔拔嵩) đi đánh Nhu Nhiên, và khi Bạt Bạt Tung bị quân Nhu Nhiên bao vây, Minh Nguyên Đế đã đích thân dẫn quân đi giải vây cho Bạt Bạt. Những năm sau đó, ông thường dời khỏi kinh đô Bình Thành để kiểm tra khả năng phòng thủ ở các mặt phía bắc (với Nhu Nhiên) và phía đông (với Bắc Yên), để chắc chắn rằng đất nước của ông có thể chống lại được kẻ thù. Ông cũng thường cử quân lính đi bình định các bộ lạc nổi loạn.